併用自体は問題ありません。
ただし殺菌灯の設置場所に注意していただければ、より効果的です。
殺菌灯のタイプにもよりますが、もし「ホースの途中」に設置するタイプであれば「外部式フィルター」での、ろ過後の水が通るホース側に設置しましょう。 そのほうが、水中のろ過バクテリアがろ過槽内に侵入してくれやすくなります。
いずれにしても殺菌灯は、有害な細菌だけでなく、有益なバクテリアも殺してしまいます。 このことに留意して、設置場所を考えてあげてください。